Том Уэйтс родился в больнице Park Avenue в городе Помона, штат Калифорния 7 декабря 1949 года, в семье школьных учителей. Его отец Джесси Фрэнк Уэйтс шотландско-ирландского происхождения, мать Альма Джонсон МакМюррей — американо-норвежского. В 1960 году родители Тома развелись и он с матерью переехал в город Уиттер в округе Лос-Анджелеса, а после — в Нэшнл-Сити, недалеко от границы США и Мексики.
В 1965 году, во время учёбы в средней школе города Чула-Виста в округе Сан-Диего, Уэйтс начал играть в ритм-н-блюз / соул группе The Systems и работать в Napoleone Pizza House, который он впоследствии воспел на альбомах Small Change («I Can’t Wait to Get Off Work») и The Heart of Saturday Night («The Ghosts of Saturday Night (After Hours at Napoleone’s Pizza House)»).
Пять лет спустя Уэйтс начал работать швейцаром в одном из ночных клубов Сан-Диего, где он мог слушать выступления музыкантов, играющих в самых разных жанрах. Там же он дал свой первый оплачиваемый концерт. Будучи поклонником Боба Дилана, Джека Керуака, Луи Армстронга, Хаулин Вульфа и Чарльза Буковски, Том начал создавать свой собственный уникальный музыкальный стиль.
После прохождения службы в береговой охране США Уэйтс вернулся в Лос-Анджелес и начал работать в клубе Troubadour, где музыканты выстраивались в очередь, чтобы дать ночной концерт. Том поселился в Echo Park в окрестностях Лос-Анджелеса, где, помимо него, жили Гленн Фрай из Eagles, Джексон Браун и Фрэнк Заппа. Музыкант познакомился с продюсером Хербом Коэном и записал несколько демо, впоследствии выпущенные на сборнике The Early Years. При содействии Коэна Том заключил свой первый контракт, с Asylum Records.