Карин Кусама выросла в Сент-Луисе, Миссури, в семье детского психиатра Харуо Кусама и школьного психиатра Сьюзан Кусама (в девичестве Макгуайр, McGuire). Её отец — японец, а мать — американка со Среднего Запада.
Кусама окончила школу Ladue Horton Watkins High School в Сент-Луисе. В 1990 году Кусама получила степень бакалавра медиатехнологий кино и телевидения в Школе Искусств (Tisch School of the Arts) Нью-Йоркского университета.